長(zhǎng)讀長(zhǎng) RNA-seq 在研究基因融合等基因組異常方面也表現(xiàn)出了的性能?；蛉诤鲜窃S多疾病，發(fā)生的重要機(jī)制之一。通過(guò)長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序，我們可以更準(zhǔn)確地檢測(cè)到這些融合事件，為疾病的診斷和提供更精確的依據(jù)。當(dāng)然，長(zhǎng)讀長(zhǎng)RNA-seq也并非完美無(wú)缺。它在技術(shù)上仍然面臨著一些挑戰(zhàn)，例如測(cè)序成本較高、數(shù)據(jù)準(zhǔn)確性有待進(jìn)一步提高等。但不可否認(rèn)的是，它的出現(xiàn)為基因研究帶來(lái)了新的突破和機(jī)遇。在實(shí)際應(yīng)用中，Illumina 短讀長(zhǎng)測(cè)序平臺(tái)和長(zhǎng)讀長(zhǎng) RNA-seq 可以相互補(bǔ)充，共同推動(dòng)基因研究的發(fā)展。短讀長(zhǎng)測(cè)序可以繼續(xù)發(fā)揮其在大規(guī)模基因表達(dá)分析、差異表達(dá)基因篩選等方面的優(yōu)勢(shì)，而長(zhǎng)讀長(zhǎng) RNA-seq 則可以專注于解決那些需要更精細(xì)基因結(jié)構(gòu)解析的問(wèn)題。真核無(wú)參轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)在生命科學(xué)研究中發(fā)揮著越來(lái)越關(guān)鍵的作用?；蜣D(zhuǎn)錄組

通過(guò)二代測(cè)序平臺(tái)，快速獲得動(dòng)植物特定細(xì)胞或組織的轉(zhuǎn)錄本及基因表達(dá)信息，可進(jìn)行基因表達(dá)水平、基因功能、可變剪切、SNP以及新轉(zhuǎn)錄本發(fā)現(xiàn)等方面的研究。與傳統(tǒng)的芯片檢測(cè)技術(shù)相比，RNA-seq技術(shù)具有更高的靈敏度和動(dòng)態(tài)范圍，可以檢測(cè)到低表達(dá)基因并能夠識(shí)別出多個(gè)同一基因的不同剪切形式。在RNA-seq實(shí)驗(yàn)中，首先需要從樣品中提取RNA并進(jìn)行建庫(kù)，然后將建庫(kù)后的RNA樣本通過(guò)測(cè)序儀進(jìn)行高通量測(cè)序，得到原始測(cè)序數(shù)據(jù)。接下來(lái)，利用生物信息學(xué)分析軟件對(duì)原始測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控、比對(duì)、拼接和定量分析，終獲得基因表達(dá)水平、可變剪切、SNP等信息?；蜣D(zhuǎn)錄組將真核無(wú)參轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)與其他組學(xué)技術(shù)（如蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)）相結(jié)合，實(shí)現(xiàn)多維度數(shù)據(jù)整合分析。

橋式擴(kuò)增是指將DNA模板固定在表面上，并用適當(dāng)引物引導(dǎo)其進(jìn)行二倍體擴(kuò)增，形成橋形結(jié)構(gòu)，后續(xù)進(jìn)行測(cè)序。具體步驟如下：DNA片段連接和固定：首先，將待測(cè)序的DNA樣品通過(guò)化學(xué)處理連接到測(cè)序平臺(tái)上的固定引物上。固定引物通常是親水性的，能夠有效固定DNA分子在平臺(tái)表面上。橋式擴(kuò)增：每一個(gè)DNA片段都會(huì)在平臺(tái)表面上擴(kuò)增成橋形結(jié)構(gòu)。這一過(guò)程是通過(guò)引物的作用，在固定的DNA片段上進(jìn)行逐一擴(kuò)增，形成橋形結(jié)構(gòu)。芯片掃描：經(jīng)過(guò)橋式擴(kuò)增后的DNA橋結(jié)構(gòu)會(huì)通過(guò)芯片掃描成像，以獲取其位置和序列信息。橋式擴(kuò)增技術(shù)的在于將DNA固定在平臺(tái)上，并通過(guò)引物的導(dǎo)向?qū)崿F(xiàn)二倍體擴(kuò)增，終形成橋形結(jié)構(gòu)進(jìn)行測(cè)序。這一步驟的高效實(shí)現(xiàn)了Illumina測(cè)序技術(shù)的高通量特性。

長(zhǎng)讀長(zhǎng)的特性賦予了它獨(dú)特的優(yōu)勢(shì)。首先，它能夠更清晰地解析基因的完整結(jié)構(gòu)，包括外顯子、內(nèi)含子以及它們之間的邊界。這對(duì)于準(zhǔn)確理解基因的功能和調(diào)控機(jī)制至關(guān)重要。例如，在研究可變剪接時(shí)，長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序可以更好地捕捉到不同剪接變體的全貌，而不是像短讀長(zhǎng)測(cè)序那樣可能會(huì)遺漏一些關(guān)鍵信息。其次，長(zhǎng)讀長(zhǎng)RNA-seq對(duì)于研究長(zhǎng)鏈非編碼RNA等具有復(fù)雜結(jié)構(gòu)的RNA分子也具有重要意義。這些非編碼RNA通常具有較長(zhǎng)的長(zhǎng)度和復(fù)雜的結(jié)構(gòu)，短讀長(zhǎng)測(cè)序可能難以準(zhǔn)確地描繪它們的特征。而長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序則能夠更好地揭示它們的真實(shí)面貌，為深入研究它們的生物學(xué)功能提供有力支持。真核無(wú)參轉(zhuǎn)錄組測(cè)序揭示單個(gè)細(xì)胞在不同狀態(tài)下的轉(zhuǎn)錄組特征，探究細(xì)胞的異質(zhì)性和功能。

RNA-seq技術(shù)是一種通過(guò)測(cè)定RNA序列來(lái)揭示轉(zhuǎn)錄組的技術(shù)。相比傳統(tǒng)的基因表達(dá)測(cè)定方法，如Microarray芯片技術(shù)，RNA-seq具有更高的靈敏度、更廣的動(dòng)態(tài)范圍和更好的分辨率。通過(guò)RNA測(cè)序，我們可以得知在某些特定條件下，哪些基因得到，哪些被抑制，從而深入了解細(xì)胞或組織內(nèi)部的轉(zhuǎn)錄過(guò)程。接著，我們來(lái)談?wù)凞GE分析在RNA-seq中的應(yīng)用。DGE分析的主要目的是比較不同條件下基因的表達(dá)水平，找出在不同條件下表達(dá)差異的基因。一般來(lái)說(shuō)，DGE分析包括數(shù)據(jù)預(yù)處理、差異檢測(cè)和生物學(xué)意義解釋等步驟。在實(shí)際應(yīng)用中，真核無(wú)參轉(zhuǎn)錄組測(cè)序已經(jīng)在多個(gè)領(lǐng)域展露頭角。什么是一代測(cè)序什么是二代測(cè)序

真核無(wú)參轉(zhuǎn)錄組測(cè)序?yàn)槲覀兘沂旧锏纳娌呗院瓦M(jìn)化軌跡?；蜣D(zhuǎn)錄組

在真核有參轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中，基因表達(dá)的差異分析主要有以下幾種方法：倍數(shù)變化法（FoldChange）;統(tǒng)計(jì)學(xué)檢驗(yàn)方法;基于模型的方法；非參數(shù)檢驗(yàn)方法；貝葉斯方法；聚類分析；基因集分析;差異表達(dá)分析軟件;例如，在研究某種疾病與正常組織的基因表達(dá)差異時(shí)，可以使用 t 檢驗(yàn)來(lái)比較兩組樣本中各個(gè)基因的表達(dá)量，篩選出差異的基因；或者利用基因集分析來(lái)查看與疾病相關(guān)的通路中基因的整體表達(dá)變化情況。這些方法的綜合運(yùn)用可以更、準(zhǔn)確地揭示基因表達(dá)的差異及其背后的生物學(xué)意義。基因轉(zhuǎn)錄組